行政事业审计科
    负责审计与本级财政有缴拨款关系的县人大机关、政协机关、司法机关和政党组织、社会团体的财政财务收支；负责审计县级财政收支中与行政事业方面有关的特定事项的专项审计或审计调查；负责本科审计管辖范围内的经济责任审计；负责对社会保障及民政救灾救济等资金的管理使用情况进行审计监督；负责协助办理有关行政事业审计社会保障审计的复议、应诉工作。

    农业与外资审计科
    负责对县政府各部门管理和受托由社会团体管理的农林、水利、资源环保资金的筹集、管理、使用情况进行监督，对国家财政收支中与农业方面有关的特定事项以及对农业综合开发、扶贫开发资金等进行专项或审计调查；根据上级审计机关授权，负责对三峡移民资金的拨付、管理和使用情况进行审计监督，对三峡移民资金进行专项审计或审计调查，按上级审计机关授权，负责对国际组织、国际金融机构、外国政府及其机构，向我县提供的贷款、授款及捐赠项目的真实、合法和效益的审计监督或审计调查；负责协助办理农业、外资审计的复议、应诉工作。

    固定资产投资与企业审计科
    负责对县级国家建设项目、上级审计机关授权的审计的中央市级建设项目预算执行情况和决策的审计监督；负责对国家财政收支中与固定资产投资有关的特定事项的专项审计和审计调查；负责对县属国家企业、国有控股企业财政财务收支和资产负债、损益的审计监督；负责对本科管辖范围的经济责任审计，负责协助办理固定资产投资和企业审计的复议、应诉工作。

    经济责任审计科
    根据《中共中央办公厅、国务院办公厅关于印发〈县级以下党政领导干部任期经济责任审计暂行规定〉和〈国有企业及国有控股企业领导人员任期经济责任审计暂行规定〉的通知》规定，接受县委、县府及其组织部门的委托，组织、实施全县经济责任审计工作。负责草拟经济责任审计计划、报告及总结；承办县经济责任审计工作联席会议日常工作。